L'area del comune fu popolata già in epoca preistorica (sono stati rinvenuti resti del Paleolitico medio e dell'età del bronzo medio, recente e finale).
Tra il IX secolo a.C. e il VI secolo a.C. nella località di Santa Maria in Arci si era stabilito un insediamento sabino, identificato con la città di Cures, che continuò a vivere in età romana (resti di terme e di un piccolo teatro e necropoli). Il territorio era sfruttato dal punto di vista agricolo con una fitta rete di ville, costruite su terrazzamenti in opera poligonale nel II secolo a.C. e in opera quasi reticolata nel I secolo a.C. ("villa di Grotte di Torri" e ancora di Fonteluna, di Mirteto, di Cagnani e di San Lorenzo a Canneto, di Sant'Andrea e di San Pietro presso Borgo Salario, di Grottaglie, di Piano San Giovanni, di Grotta Scura, di Monte San Martino, di Fonte Vecchia).

Le origini dell'attuale abitato sembrano risalire ad epoca longobarda, alla fine del VI secolo, come sembra indicare il toponimo, derivante dal termine longobardo fara, con il significato di "clan familiare"; oppure alla devozione sempre longobarda a Santa Fara. Il castello è attestato dal 1006 e dal 1050 fu sotto il controllo dell'abbazia di Farfa. Fu quindi feudo degli Orsini. Nel 1867 fu toccata con la frazione di Coltodino dalla Campagna garibaldina dell'Agro Romano per la liberazione di Roma. Giuseppe Garibaldi dopo la sconfitta di Mentana raggiunse con i suoi Volontari la stazione ferroviaria di Passo Corese in Comune di Fara dove partì in direzione del nord. Sempre da Fara sulla riva del Tevere partì con alcune barche la sfortunata spedizione dei Fratelli Cairoli conclusa tragicamente a Villa Glori. Testimonianze della Campagna dell'Agro Romano per la liberazione di Roma (1867) sono conservate nel Museo nazionale di Mentana.