Secondo alcune fonti il nome di Percile deriva dalla famiglia romana di Porcia. Del periodo romano rimane come testimonianza una stele marmorea di una fanciulla di età di circa 7 anni, il quale monumento ricorda anche vari personaggi locali. Dopo l'età classica romana che caratterizzava le case di Percile raggruppate in Villae e Pagus, gli abitanti cominciarono a costruire delle case intorno a delle chiesette ed a delle pievi. Però le prime notizie certe sul paese sono datare tra il 314 ed il 335 nella biografia di San Silvestro I. Nel X secolo, nei dintorni del paese furono costruiti dei castelli per favorire la difesa dei paesi dei dintorni. Dal 1011 al 5 maggio 1275 si susseguirono varie vicissitudini feudali: Ottone Frangipane, conte di Sabina, donò 1500 moggi di terreno coltivabile (1011) all'Abate di Farfa; Il nobilis vir Berardo, figlio di Crescenzio, donano il castello sempre all'Abbazia di Farfa. Nel 1262, con una bolla fu confermato il feudo dell'Abbazia. In seguito passò agli Orsini Nel XIX secolo, dopo la battaglia di Mentana, dei garibaldini si rifugiarono a Percile, come attestano dei toponimi di vie. La prima guerra mondiale fece 27 vittime di soldati di Percile, mentre nella seconda guerra mondiale il paese fu bombardato dai nazisti costringendo gli abitanti a ripararsi alla meglio in grotte e capanne site nei paraggi del paese.