Situato nel sud pontino a metà strada tra Roma e Napoli, sul tracciato storico della Via Appia, si è sviluppato lungo la tratta ferroviaria Roma-Napoli. Il nucleo urbano di Fondi è situato nell'omonima piana distesa ai piedi dei monti Aurunci e Ausoni, che la chiudono su tre lati, e aperta a sud verso il mar Tirreno. I rilievi circostanti, culminanti nel monte delle Fate (1090 m) e nel monte Calvilli (1102 m), alimentano le falde idriche della piana, che risulta ricchissima di acqua, come testimonia la presenza di oltre venti sorgenti e tre laghi. Tale abbondanza idrica ha reso necessarie nei secoli ingenti opere di bonifica, iniziate nel XVII secolo e concluse solo nella prima metà del Novecento, per trasformare gradualmente il territorio paludoso in una fertile zona agricola. Il lago di Fondi (ora compreso nell'area del Monumento naturale del lago di Fondi), a forma di arco lunare con superficie di circa 3,8 km², rappresenta un esempio significativo di lago costiero. Infatti, grazie alla comunicazione con il mare tramite due canali, il Sant’Anastasia e il Canneto, le maree vi stabiliscono una costante alternanza di acque dolci e salate. Gli altri due laghi costieri presenti nella piana di Fondi (ma in parte in territorio di Sperlonga) prendono il nome di Lungo e San Puoto. La costa, che si estende per circa 13 km tra Terracina e Sperlonga, è bassa e composta da una spiaggia di sabbia fine, orlata in alcuni tratti da una duna litoranea ancora ben conservata.