Il nome di Graffignano deriva dal nome latino Carfinius con l'aggiunta del suffisso di appartenenza -anus. Il territorio del comune di Graffignano si trova per la maggior parte sopra un altopiano che domina la valle del fiume Tevere ad una altezza compresa tra i 170 e i 400 metri slm in un territorio ricco di boschi ancora incontaminati, in cui abbondano flora e fauna. Il Borgo antico originario si sviluppa sopra la sommità di una piccola rupe e comprende il Castello Baglioni ed il cosiddetto Di Dentro.